RNA序列数据库(数据库)

时间：2022-11-08 06:30:01 | 来源：信息时代

时间：2022-11-08 06:30:01 来源：信息时代

    RNA序列数据库 : 以RNA核苷酸碱基顺序为基本内容,并附有注释信息的一种序列数据库。各种RNA在细胞中起着多种作用。除了信使RNA(mRNA)、转运RNA(tRNA)、构成核糖体骨架的rRNA、导引RNA(gRNA)外,还有各种不翻译成蛋白的RNA(非编码RNA),起着调控和催化等作用。
(1) 欧洲核糖体rRNA数据库(http://www.psb.ugent.be/rRNA/): 由比利时Antwerp大学于1983年建立,自2003年起由Ghent大学负责管理。它是一个关于核糖体RNA的结构、功能、数据库、引物、软件等综合信息的数据库,主要包含rRNA数据库SSU和LSU、多序列联配编辑器DCSE、RNA二级结构绘图程序RnaViz、树构建程序TREECON、分布式数据文件转换软件TRAFOR等。该数据库的目的是从小和大RNA核糖体亚单位(SSU和LSU)编辑全部完全的和近于完全的核糖体序列; 序列的比对是基于分子的二级结构,通过序列比较分析获得。另外它还提供诸如物种的分类学、参考文献之类的附加信息。
(2) NONCODE数据库(http://www.bioinfo.org.cn/NONCODE/):由中科院计算所智能信息处理重点实验室生物信息学课题组建立,该数据库收录所有(tRNA和rRNA除外)不编码蛋白质的RNA信息。NONCODE的数据量非常大,几乎包含所有非编码RNA种类; 其次,所有的序列都经人工确认,其中80%是实验数据; 第三,使用了一个全新的分类系统,系统依据的是ncRNA所参与的细胞生理过程;最后,NONCODE提供了有效的搜索环境,可以找到序列出处等相关信息。
(3) Aptamer适应配体数据库(http://aptamer.icmb.utexas.edu/): 是一个全面的,带注释的关于适应配体及其选择的信息库。DNA和RNA不仅有遗传信息的存储和传递功能,还能通过自身特有的结构与其他分子相互作用,随机寡核苷酸库就建立在这个基础上,从这类随机序列库中筛选出与靶分子高度特异结合片段的过程,被称为配体系统进化的指数富集过程(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),筛选出的分子被称为“适应配体”(aptamer)。
(4)Plant snoRNA植物核仁小RNA数据库(http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home/): 整合了来自两个方面的信息,一方面由三个独立的计算机辅助搜索拟南芥基因组中的box C/D核仁小RNA而来,另一方面的信息从非编码RNA而来。迄今为止,拟南芥box C/D核仁小RNA已经用来从不同的非拟南芥植物物种中鉴定了大约250个基因,该数据库提供了这些基因序列的比对,并提供了所有植物核仁小RNA基因的统一命名规则。