掌握这两款软件，让点突变引物设计简单到飞起！
时间：2023-06-04 23:39:01 | 来源：网站运营
时间：2023-06-04 23:39:01 来源：网站运营
掌握这两款软件，让点突变引物设计简单到飞起！：点突变技术应用比较广泛，我们今天涉及的点突变内容主要是在质粒上进行的。比如在双荧光素酶报告基因实验中，点突变结合位点，或者模拟磷酸化和去磷酸化实验中，需要将氨基酸进行突变。
其实，点突变的方法比较成熟，设计点突变引物，进行PCR实验，然后Dpn I酶处理去除模板质粒，再转化测序就好了。整个步骤最关键的就在点突变引物的设计上。
今天我们有一个例子结合两大神器，让点突变的引物的设计简单要飞起。
我们选取Ezrin蛋白，它是ERM蛋白家族成员之一，其567位的苏氨酸磷酸化能够通过影响骨架蛋白调节细胞运动。我们将567位苏氨酸突变为天冬氨酸来模拟磷酸化。
首先，通过NCBI找到Ezrin的CDS序列，将序列复制下来。直接复制粘贴到word中，会把前面的序号一并复制进去，这样处理起来就比较麻烦，这时候就要用到我们第一个神器BioXM软件。
BioXM软件在各大软件园都能够搜到，和以前一样在文末福利包里也可以找到。双击打开BioXM软件，将上面的序列粘贴进去，这个软件不能够识别数字，而且可以把空格自动略去，直接就能够得到完整的序列。当然这只是这个神器最简单的应用，如果需要我会单独再给大家写一篇。
我们再从这个软件中，将这长度为1761的序列复制出来，pia到另外一个神器
Primer X中，进入我们的引物设计阶段。
这是一个在线点突变引物设计网站，网址是：
http://www.bioinformatics.org/primerx/index.htm。网站提供给我们三个选项，一个是从基因序列突变，一个是从氨基酸序列突变还有直接放进引物序列突变三种形式，我们点击第二个选项“I want to design a primer pair based on a mutation in an encodedprotein sequence.”
现在我们把复制好的序列粘贴到这个框框中，点击Translate。
CDS序列就转换成了氨基酸序列，在Step 3中，输入我们想要点突变的位点“T567D”。其他的不用变，点击Next。
Step 6中选择你要表达的系统，我们一般都是在大肠杆菌中进行表达。选择好之后点击Generate primers。
这样你所需要的点突变引物就出来了，是不是很简单。
其中的参数都可以根据实验需要进行调节，一般不需要动，当产生的引物比较少或者没有的适合，可以将条件放的宽松一点。
BioXM软件也在下面大礼包中，由于链接不稳定，我会隔三差五去换换，打开的朋友记得先保存再点赞哦！
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【我是小贝】
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